На территории средневекового Кыргызстана произрастали многочисленные виды растений, среди которых немало эндемиков, представляющих весьма ценный генофонд для всей нашей планеты. В соответствии с физико-географическими зонами, характерными для территории Кыргызстана, сформировалось несколько типов растительности: степные, высокотравные, субальпийские и альпийские луга, своеобразные фисташники, миндальники, алычовники, экзохордники и другие кустарники; реликтовые орехово-плодовые леса, пихтовые, еловые, кленовые, березовые, тополево-ивовые, арчовые леса.
Разнообразные породы леса были пригодными к обработке и строительству. Фауна Кыргызстана также разнообразна. Горы, предгорья, луга и леса были местами обитания многих видов животных. В исторических источниках упоминается о том, что в период тюркских государств, в особенности караханидского периода, на территории Кыргызстана существовал ряд куруков (заповедников), которые принадлежали высокопоставленным сановникам. В куруках устраивались «царские охоты».
Например, во время своего путешествия в Семиречье китайский посол Сюань-Цзан, прибывший в 630 году в Западнотюркский каганат, посетил Мин-Булакский заповедник Таласской долины, где увидел многочисленных пасущихся оленей с цветными лентами па шее. Эти олени оказались «царскими животными», охота на которых была запрещена всем, кроме семьи кагана.
Многочисленные реки — текущие до сих пор главные водные артерии Кыргызстана Нарын и Карадарья (впадающие в Сырдарью), Чу и Сары-Джаз — были основными источниками жизни региона. Озеро Иссык-Куль, считающееся самым большим озером Средней Азии (если не считать Каспийское и Аральское моря озерами), было не только красивейшим природным памятником, но и валшым местом обитания населения. Вокруг озера жили многочисленные автохтонные племена, которые дали ряд тюркских династий для Карлукского и Караханидского каганатов, здесь были основаны многие города и поселения.
В VI—VIII веках Фергана (ее китайские названия — Нинюань и Боханьна) имела в своем составе шесть больших и 100 маленьких городов (вероятно кыштаков), славилась своим земледелием, ремеслом и горнодобывающей промышленностью. Имеются указания на производство в больших объемах киновари, золота и железа. В исторических источниках много сведений о том, что земля «хирхизов» (арабское произношение кыргызов) содержит много разного рода полезных ископаемых. Среди них — мускусы, известь, красильные вещества, руды металлов, золото, серебро.
