Все политические образования Средних веков на пространстве Центральной Азии так или иначе затрагивали территорию Кыргызстана. Западные области Тюркского каганата охватывали территорию современного Кыргызстана. Еще в 553 году Истеми, младший брат кагана Бумына, включил в состав каганата земли 10 племен. Каганаты, возникшие после развала первого Тюркского каганата (начало VII века), — Западнотюркский, Тюргешский, Карлукский и Караханидский каганаты, в основном образовывались на территории Кыргызстана. Самую большую территорию имело Караханидское государство. Расширяя свои владения, основатели династии Караханидов захватили значительные пространства Восточного Туркестана, Центрального Тенир-Тоо, Семиречья, Ферганы, Мавераннахра. На северо-востоке границы государства Караханидов проходили через Балхаш, Иссык-Куль, Ала-Куль и достигали Чугучака. Столицей каганата был город Баласагын (развалины городища Бурана в окрестностях современного города Токмока). Второй столицей считался Узген, позже Самарканд.
Территория кыргызов Енисея так описана в летописях: «Хягасы (кыргызы) имели сильное государство, равное по величине владениям тюрков (имеется в виду Второй Тюркский каганат). На востоке оно простиралось до озера Гулигань (Байкал), на юге — до Тибета (Восточный Туркестан), на юго-западе — до Гэлоллу (Семиречье)». Северные границы державы доходили до современных Томска и Красноярска. В период великодержавия, когда кыргызы смогли подчинить себе многие просторы Центральной Азии, их владения достигали даже отрогов Тенир-Тоо, где они оставили следы своего пребывания. Вполне вероятно, что часть кыргызов осела в этом регионе. Согласно древней степной традиции, народ, владеющий Кангюем, считался властителем всех кочевников. В свое время такие державы создавали хунну, жуан-жуаны (авары), тюрки, кыпчаки (сеньято), уйгуры, а позже — монголы.
На Енисее кыргызы оставались долго, почти до XVIII века, и позже были известны под именами хакасов, тувы, шорцев, алтайцев и др. В течение XII-XVI веков на основе слияния кыргызов Центральной Азии с местными тюркоязычными племенами (дулу, нушиби, тюргеши, карлуки, ягма, чигили, тухси и др.) и пришлыми енисейскими кыргызами сформировался кыргызский народ, который к этому времени окончательно определил свое место проживания.
