Айдаркен – небольшой город и промышленный центр в центральной части Баткенской области.
Население 9926 человек (2017). Он расположен на горной равнине-котловине (высота около 2000 метров), что образована одним из притоков Ак-Суу. Котловина окружена горами Алайского хребта. В Айдаркен ведёт дорога из Ферганской долины, продолжаясь в сторону Каннибадама. Районный центр находится в 45 километрах восточнее Айдаркена.
Город вырос на месте киргизского селения Хайдаркан на базе Хайдарканского ртутного комбината (Комбината № 5), строительство которого началось в 1941 году на Хайдарканском месторождении (открыто в 1926 г. студентами В. И. Поповым и В. Э. Поярковым, работавшими в качестве поисковиков — «проспекторов» в партии треста «Редкие элементы».) ртутных руд («хайдаркан» — «великий рудник»).Однако ещё до освоения рудника здесь находилось одноимённое поселение киргизов-скотопасов.
Законом Киргизской Республики «О переименовании отдельных аильного и поселковых кенешей, посёлков городского типа и сёл Кадамжайского района Баткенской области Кыргызской Республики» № 228 от 28 декабря 2006 года посёлок Хайдаркан переименован в Айдаркен. В 2012 году пгт Айдаркен получил статус города.
Айдаркен известен пещерой Сель-Ункур. В 1985 году в ней были обнаружены самые древние следы человека в Средней Азии с многослойной стоянкой, известной археологическими находками. Найденные советскими археологами в пещере антропологические материалы (череп, зубы (три верхних резца, три нижних премоляра) и плечевая кость человека) были предположительно интерпретированы, как принадлежащие человеку одной из архаичных эректоидных форм. Предложенная тогда же достаточно спорная датировка комплекса возрастом более 1 млн лет назад, в свете последних данных не подтверждается. Российскими исследователями зубы и плечевая кость датируются возрастом 126 тыс. лет назад.
