Вторая половина XIX — начало XX века стали эпохой научного открытия Кыргызстана. Для получения преимущества в скрытом противоборстве с Великобританией за обладание Кыргызстаном Россия выделяла большие средства для всестороннего изучения этого региона. Целый ряд российских научных учреждений посылали в эти районы Центральной Азии своих ученых — этнографов, историков, географов, горных инженеров и других специалистов в составе регулярных военных экспедиций. Последние экспедиции главным образом преследовали военно-разведывательные цели, но ученые-исследователи, каждый по своей линии, собирали сведения и материалы для научных обобщений и выводов. Среди них был Ч. Ч. Валиханов, введший неизученный регион в круг интересов мировой науки. Большой вклад в изучение Тенир-Тоо, в том числе Иссык-Кульской котловины, внес П. П. Семенов-Тян-Шанский (1827-1914), который создал орографическую схему региона, собрал обширный научный материал о горной системы Тенир-Тоо. Неоценима роль краеведа Н. М. Пржевальского (1839-1888).
Заметный вклад в систематизацию истории кыргызского народа внесли ученые В. В. Бартольд, Н. А. Аристов, С. Е. Малов. Труды русских исследователей Н. А. Северцева, А. В. Каульбарса, А. П. Федченко, И. В. Мушкетова, немецких ученых М. Фридрихсена, М. Керцбахера, француза Г Капю, американцев В. Дэвиса, Э. Хантингтона послужили фундаментом для последующего изучения Кыргызстана. Таким образом, именно с вхождением Кыргызстана в состав России началось его систематическое и комплексное научное исследование.
В конце XIX — начале XX века, в период поэтапного покорения кыргызов Россией, началось широкое научное изучение общества, истории, культуры, природы Кыргызстана. В ходе военных, разведывательных и научных экспедиций русские и другие ученые, изучая географию, этнографию, фольклор, историю этого региона, закладывали основы последующего развития Кыргызстана в мировом сообществе.
