Организаторские способности молодого руководителя были замечены и в 1949-м ей поручили заведовать женотделом Фрунзенского горкома Компартии Киргизии. Одновременно она учится в высшей партийной школе. В 1952-м ее назначают заместителем министра финансов. В 1959-м Бегматова с отличием заканчивает Всесоюзный заочный финансово-экономический институт, а с 1961-го становится заместителем председателя Совета Министров Киргизской ССР.
В 1961 году Сакин Бегматову утверждают заместителем Председателя Совета Министров Киргизской ССР. В этой должности она проработала 19 лет. С 1963 года она по совместительству являлась министром иностранных дел республики. Она дольше всех в истории МИД Кыргызстана возглавляла внешнеполитическое ведомство – с 1963 по 1980 годы. Уже с первого года работы в должности министра иностранных дел Киргизской ССР ей поручаются ответственные поездки. В октябре 1962-го она возглавляла советскую делегацию в ГДР, а в январе 1963-го – она уже заместитель руководителя делегации СССР Юрия Андропова во Вьетнаме.
Бегматова принимала активное участие в общественно-политической жизни республики, избиралась членом ЦК Компартии Киргизии, кандидатом в члены бюро ЦК, депутатом Верховного Совета СССР, заместителем Председателя Совета Национальностей Верховного Совета.
Скромная кыргызская женщина, могла ли она думать, что настанет день, когда ей, министру иностранных дел одной из союзных республик СССР, поручат представлять Советский Союз в Организации Объединенных Наций, на крупных международных форумах. На XXIV Генеральной Ассамблее ООН в 1969 году Бегматова возглавляла советскую делегацию и на третьем Комитете по социальным, гуманитарным и культурным вопросам выступила с докладами: «Ликвидация всех форм расовой дискриминации», «Соблюдение прав человека во время вооруженных конфликтов». Только сейчас мы понимаем всю актуальность и политическую значимость этих докладов.
Тогда же это казалось таким далеким от нашей действительности.
Бегматова внесла большой вклад в укрепление культурной связи с зарубежными странами, в проведение «Дней культуры СССР» в США, Канаде, Франции, Венгрии, Чехословакии, Болгарии, Швейцарии, Вьетнаме. С официальными визитами она посетила арабские страны: Ливан, Сирию, Египет. Малоизвестный факт: Бегматова, как руководитель одной из всесоюзных делегаций во Вьетнаме, удостоилась неожиданной похвалы самого Хо Ши Мина. Вьетнамский лидер, "дедушка Хо", дружески называл Бегматову "товарищ мусульманка" и ставил в пример ее образованность и человеческое обаяние.
Заслуги Бегматовой достойно оценены Родиной. Она была награждена орденом Октябрьской Революции, двумя орденами Трудового Красного знамени, двумя орденами «Знак Почета», многими медалями.
Бегматову больше знали и ценили в Москве, чем во Фрунзе. Так, Бегматову связывала многолетняя и нежная дружба с выдающимся дипломатом ХХ века, как его называли "колоссом советской дипломатии", единственным Героем Социалистического труда в сфере дипломатической службы, Анатолием Добрыниным. Посол СССР в США, он проработал с шестью президентами США с 1962 по 1986 годы. Анатолий Федорович и его супруга Ирина Николаевна с большим уважением, дружески и нежно относились к Сакин Бегматовой.
Она не раз гостила у них как в Москве, так и в резиденции посла СССР в США.
Многолетняя дружба связывала Бегматову и с министром иностранных дел России, позже послом СССР в Пакистане и Турции Алексеем Алексеевичем Родионовым.
О Бегматовой как руководителе очень высоко отзывался академик Руальд Сагдеев – специалист в области космической науки. В Кыргызстане Бегматова курировала научные исследования, в том числе известное в советское время Особое конструкторское бюро Института космических исследований АН СССР.
